邓浩楠启用钱谦益，用东林党来弹压满朝文武百官，成绩斐然，很快就稳定了朝局。
控制了中央朝廷之后，邓浩楠开始整顿京畿军务。
京畿军务基本上直隶总督府已经做了部署，唯独就是杨嗣昌手中的十万禁军问题。
对待杨嗣昌，邓浩楠以前不敢动手，现在他当上了监国摄政王后，收拾杨嗣昌已经是名正言顺了。
杨嗣昌被调任兵部侍郎，实际上是明升暗降，夺了他的兵权。
对此，杨嗣昌哑巴吃黄连有苦说不出。除非他立刻造反，否则就只能乖乖的就范。
显然，邓浩楠没有给他留下任何的造反借口，因此杨嗣昌没借口也没胆子造反。
十万禁军开赴通州大营就地整编，邓浩楠调五万军队接管京城防务，从而彻底掌控中央，挟天子以令诸侯。
地方官员哪个心中不明白邓浩楠在干什么？但问题是邓浩楠做的实在太高明了，没有任何把柄留下。更因为免除全国赋税三年而获得了极高的民望，万众归心，这个时候谁站出来说邓浩楠的坏话，肯定会被老百姓的唾沫星子淹死的。
利用舆论，收买人心，这招邓浩楠使得绝，无人能出其右。
中央朝廷是最大的国家机器，内阁六部邓浩楠放手给钱谦益了。所谓用人不疑疑人不用，邓浩楠掌控着军队，不怕钱谦益玩猫腻。
由于邓浩楠推行休养生息政策，钱谦益身为内阁首辅大臣，自然要想办法给邓浩楠省钱。
邓浩楠改编全国军队，行精兵之路，预计大明帝国保持五十万常备军，主力为邓浩楠的嫡系部队，缺口从全国各地选拔精壮士兵补充。
军队一直是拖累明朝发展的关键因素，邓浩楠裁减一百三十万现役军户人口，并废除军户、匠户制度，准许他们脱籍为农民或者商人。军户都有土地，邓浩楠允许军户复员成农民后继续耕种生活。这样一来，军户变成农民，不但补充了民间劳动力。同时，休养生息的政策令军队将兵复员后有了生活出路，不至于占山为王祸害民间。
钱谦益看到了邓浩楠的裁军目的，所谓精兵简政，邓浩楠精兵，那他就要简政了。
为此，钱谦益裁汰中央官员冗员，将一些尸位素餐的官员罢免。由于采取休养生息政策，可以预见民间将会出现太平繁荣的景象。百姓将会拥护政府，因此钱谦益不怕裁汰冗员会被某些官员使坏报复。
吏部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司，每司各有郎中一人，员外郎一人，主事一人等官。吏部职权特重，为六部之首。户部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司，各司有郎中、员外郎、主事等官。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、印钞局、广盈库、军储仓等。礼部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司，各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖铸印局等。兵部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司，各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖会文馆等机构。刑部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司。各司有郎中、员外郎、主事等官。工部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司，各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖宝源局、军器局等机构。
旧都南京也设六部，称南六部，另有一套职官，但又不全置，其职权远不如北京六部，一般是安置地位崇高之退闲大臣之所。
邓浩楠允许南直隶的存在，但不放心那些退休、贬庶的官员，因此南直隶兵部和守备全部由邓浩楠的嫡系人马掌控，枪杆子邓浩楠永远不会放松，否则就会出问题。
钱谦益改革六部，邓浩楠也没闲着，强化了督察院、大理寺职能。
原本都察院有左右御史、左右副都御使、左右佥都御使等官。又设十三道监察御史，遍布全国。
但邓浩楠的治下多了辽东府、朝鲜都护府、台湾府、琉球都护府，甚至前段时间又多了夏威夷都护府。
这些地方实行的是检察院、警察厅、法院，以及立法、刑法、司法等现代化制度，需要跟中央完成融合。
但邓浩楠跟钱谦益商议过后，认为不可以一触而就，当缓行甚行。毕竟国内的官僚体制根深蒂固，一下子改变恐适得其反。
邓浩楠想通了其中关节，于是决定打造一个过渡期，一点点将现代化的三权分立制度慢慢渗透进去。
好在明朝末期已经出现了三权分立的雏形，民族、民众开放性接受西方先进文化思想，使得他们对邓浩楠的改革方案能够慢慢接受，逐步改变。
但这也需要时间！
都御使是“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。十三道监察御史的职责是“察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在内两京刷卷，巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城，轮值登闻鼓。外巡按，清军，提督学校，茶马，巡漕，巡关，攒运，印马，屯田。师行则监军纪功”。巡按称为“代天子巡狩”。官虽不高，出外巡查时权力却很大。设通政使司，有通政使、左右通政、左右参议等官，掌管“内外章疏，敷奏封驳之事”。
设大理寺，有卿、左右少卿、左右寺丞等官，掌“审谳，平反刑狱之政令”。与刑部、督察院合称“三法司”，重大案件由“三法司”会审。
关于翰林院，邓浩楠进行了较大的改革。
翰林院的名字依然保留，有学士、侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、五经博士等官。但职能在现有的掌制诰、史册、文翰、讲读经史、修撰国史等事基础上，把六科，即吏、户、礼、兵、刑、工等专业人员的培养纳入翰林院。
用邓浩楠的想法，翰林院从此将成为科学院，培养帝国科技人才，专研西方先进科学知识，全速追赶西方科技水平。
教育是立国之本，邓浩楠最关心的机关之一。
古代教育由国子监掌控。有祭酒一人、司业一人，五经博士、助教、学正等官。下设五厅、六堂。
邓浩楠命国子监主管，成立帝国大学，引入荷兰莱顿大学、格罗宁根大学的全部学科，以及高新聘请这两座大学的教授、导师和助教到帝国大学授课，并配齐全世界最齐全的教学器材和实验室。其中实验室跟翰林院共享，学员从辽东大学和国子监选拔入学。
邓浩楠任帝国大学名誉校长，原钦天监汤若望任帝国大学首任校长，金尼阁、邓玉函、罗雅谷、傅泛际、龙华民等任副校长和教授等职务。
邓浩楠准备用二十年时间，将帝国大学打造成全世界规模最大、教育水平最高的国际化超级大学。
为此，邓浩楠对帝国大学不惜下血本，先期投资一千万两白银，后期分别从国子监财政预算中每年增加，同时国家财政也会给适当的财政倾斜照顾。
帝国军校同时成立，由于之前有了亚东海陆军军官学校的基础，帝国军校很容易建立起来。帝国军校同样囊括了亚东海陆军全部科目，未毕业的亚东军校学员一律转入帝国军校。邓浩楠依然担任荣誉校长，掌控着军官团，紧紧握住兵权。
当然，亚东军官学校并没有裁撤，而是继续招收学员，跟帝国军校形成竞争和攀比，提高军官对抗拼搏素质。
由于邓浩楠走精兵之路，因此军队中很多军官都得到机会到军校进修改造，使得帝国军校和亚东军校的生源不断。而帝国军校的成立，使得原本极少的名额一下子多了起来，更多的军官、优秀士兵得以有机会学习进步。
军校的作用是有目共睹的，可以预见军队的战斗力和军校培养的人才成正比增长。这不但是邓浩楠称霸的筹码，也是军人自我提升价值的必由之路。
邓浩楠掌控了中央之后，第二步就是要掌控地方了。
地方势力表面上比中央好控制，但事实上强龙不压地头蛇的道理亘古不变。邓浩楠两面同时下手，一面以朝廷名义直接明令地方官员执行中央命令，一面动用安全局力量对各个行省官员威逼利诱，使得他们不敢拧成一股绳跟邓浩楠作对。同时，邓浩楠改编了各省勤王大军之后，大多数军队都在裁撤范围内。老弱病残发放抚恤金回家当农民，青壮依然不少，很多人不懂生活之道，不愿意离开军队。
为此，邓浩楠将这些青壮军队改编成国民警卫队和地方警察部队，和军队一样同属帝国战斗序列。只不过军队是对外战争的，国民警卫队是对内镇压暴乱的，而警察部队是抓捕犯人，维护地方治安的。
这些人不管什么军队、国民警卫队还是警察的，他们只关心是不是国家的公务员，能不能拿到朝廷俸禄。